内部リンク構造に関して質問させていただきます。まず結論から言うと、「W…

JAROGA さん

「Show Article Map」の内部リンク判定仕様については、以下のサイトにその答えが書かれていました。
https://bloglab.naenote.net/entry/show-article-map

↓↓↓引用↓↓↓
Show Article Mapは記事本文中の内部リンクのみを解析します。グローバルメニューやサイドバー、記事上下のウィジェットスペースのリンクは対象外です。
↑↑↑引用↑↑↑

＞「WPのヘッダー、サイドバー、フッター、ウィジェットで設定している内部リンクはSEO的効果（内部リンクとして認識されているのか？）があるのか？」

まずは、SEO とは何か、ということをもう少しよく考えた方が良いですね。

SEO は機械的なテクニックや、何かの仕掛けに伴う数値的な評価ではありません。
内部リンクの数でもなければ、もちろん「Show Article Map」による可視化されたキレイな内部リンク対策などでもありません。
昨今では無関係、無作為な被リンクも評価の対象外と言われるほどです。

SEO の大前提はあくまでも『読者ファースト』で、その『読者ファースト』という概念を基にした結果が、検索上位などの SEO 的評価（効果）となります。
つまり SEO は、『読者ファースト』を基にしたコンテンツ造りの結果（結果）です。そして裏では一生一般に開示されることのない Google のアルゴリズムが働いています。

当たり前のことですが、読者は基本的に、ヘッダー、サイドバー、フッター、ウィジェットなどではなく、メインコンテンツを見ます。メインコンテンツ以外のヘッダー、サイドバー、フッター、ウィジェットなどはスルーされることがほとんどです。

そのため、メインコンテンツにて読者を満足させられるかが SEO における大きな鍵となりますし、そこに重点を置いて考えた結果が、「Show Article Map」も現状の内部リンク判定仕様で、ジョン・ミューラー氏の「フッターリンクは SEO 効果は見込めない」という発言になるわけです。

仮に「Show Article Map」がヘッダー、サイドバー、フッター、ウィジェットに設置した内部リンクまで判定する仕様だったとしても、それは SEO 的な効果としてまったく意味がないということも、ご理解いただけるかと思います。

そして、過剰に募った無関係、無作為な被リンクも含め、ヘッダー、サイドバー、フッター、ウィジェットの過剰な内部リンクも、『読者ファースト』の概念から考えれば嫌われることは明白ですし、最悪それがスパム判定となり評価を落とす要因となります。

もちろん、メインコンテンツに内部リンクを無作為に貼りまくるのも、『読者ファースト』の概念から NG です。