先日、無効なトラフィックが原因で広告配信を制限するという通知を受けました。…

みっちーさん

・自己クリックはしていない
・周囲の誰かに「広告押してね！」と言ったことも誘導したこともない
・アナリティクスで2ヶ月遡って確認したところ、アドセンスCTRは0。
・自動クリックツールなども使用してない

これらのことを信用するのであれば、あと考えられるのは誤クリックを誘発するような広告配置にしていないかですかね。
例えば投稿画像と間を空けずに広告を配置していたり、リンクのすぐ近くに広告を配置していたりです。

＞サイトの表示が正常か確認するために、自分のサイトを検索して閲覧したり、ブックマークしてこまめに見たりしていることです。
＞もしこれが当てはまるのであればGoogleアドセンスに謝罪と報告をしたいのですが、これは無効なトラフィックなのでしょうか？

アドセンス広告を数十回以上自己クリックしていない限りは当てはまりません。検索や閲覧、ブックマークなどは対象外なので安心してください。
自己クリックも、例えば 1・2 回程度であればセーフですし、その分が収益に反映されることもありません。

ただ CTR が 0 なのに無効なトラフィックの警告が来るのも、なかなか不思議です。

とりあえず無効なトラフィックの警告が来てしまったからには、Google の言う通りに対処する以外方法はないかと思います。

対処方法は以下のサイトが参考になるかと思います。謝罪したところで逆に何らかの悪戯が疑われるので、特に何もしていないことをしっかりと報告しましょう。
https://www.mae-log.com/entry/mukounatraffic