記事の5割以上がインデックスされません。9月から新規ドメインでブログを…

今年に入って、インデックスの基準が上がって来ている傾向にあります。

例え記事の品質が高かったとしても、まだ若い個人ブログであれば、インデックスの基準が満たされていない可能性が高いでしょう。

Search Console の［カバレッジ］にてエラーなどが出ていないのであれば、引き続きコンスタントに記事を投稿していってください。
それ以外にインデックスされる道はありません。

ただ、以下のコメントが気になります。

＞記事は基本5000文字前後で、画像を使った解説・内部リンクなどなど、低品質にならないよう対策は行っているつもりです。

まず記事の文字数は多ければ良いわけでもないですし、逆に少ないからと行って低品質というわけでもありません。
一番重要なのは、読者のためになる記事になっているかどうかです。そこに文字数は関係ありません。

また、記事の品質は自身で評価するものではなく、読者が評価し、そしてその評価を基に Google が判断を下します。
自惚れて低品質になっていることに気づかないことが一番 NG なので、客観的な視点を持つべきです。

ちなみに Google は、コンテンツの記事だけを評価しているわけではなく、コンテンツ全体を見て評価していることを明言しています。
記事だけ品質が高くても使い勝手が悪いコンテンツであれば評価はされないので、そういった部分にも気を使うことをオススメします。

＞追記:ちなみに、海外投資系サイトのアフィリエイトに特化したブログです。YMYLなどの影響もあるんでしょうか、、

投資分野は思いっきり YMYL ですね。ただし YMYL とインデックスは直接的には関係なく、YMYL ということで評価されにくいというだけです。
検索流入を見込むのは難しいかもしれませんが、インデックスされないというわけではないので、まずは半年、一年とコンテンツを作り上げていくことをオススメします。

ある程度続けてみないと、そのコンテンツの良し悪しは判断できません。