WordPressでJINを使用しています。アドセンスのインフィード広告を…

言ってしまえば仕様です。デスクトップとモバイルでは UI が異なるため、当然自動広告の表示形式も異なってきます。

Google アドセンスの自動広告は AI がコンテンツや UI を分析し、最適な場所に自動で広告を表示してくれます。
自動広告は利用していくうちに、さらに最適な場所に広告が表示されるようになる仕様のため、最初から広告が表示されなかったり変な場所に表示されたりもしますが、そのうち最適化されていくので、気長に付き合ってみてください。
また自動広告を表示したくない箇所や特定ページなど、Google アドセンスの管理画面から表示拒否を行うことも可能です。

ちなみに、Google アドセンスのユニット広告と自動広告では、自動広告の方が広告単価が高く設定されていることを、Google は明言しています。
趣旨を知らずに自動広告を嫌うクリエイターも多いですが、AI による最適化の部分や広告単価も踏まえると、使用しない手はありません。

>デスクトップは手動用のを入れて、モバイルは自動広告でモバイル用にしています。
▶前者（デスクトップ）は自動広告ではなく、単なるユニット広告ですね。そりゃマニュアルでユニット広告を設置すれば、その場所に広告が表示されるようになります。
後者（モバイル）は自動広告なので、気長に待ってみてください。