1週間前に、はてなブログからWordPressに移管しました。はてなブログ…

>しかし、トップページには広告が反映されているものの、記事内広告が一向に出てきません。これは時間が解決してくれるのでしょうか？
▶自動広告の設定にもよりますが、自動広告の「ページ内広告」を OFF にしているなどしていない限りは、そのうち表示されるはずです。
自動広告は時間を掛けて最適化されていくので、表示されるまでに時間が掛かることもありますし、表示される場所も変動します。

>それとも、WordPressでは自動広告を設定しても、記事内広告は1記事ずつ対応しないといけないのでしょうか？
▶これも設定によります。仮にトップページにしか反映されないヘッダーに自動広告の広告コードを貼っている場合は、トップページにしか表示されません。
一方で全てのページの反映されるヘッダーに自動広告の広告コードを貼っている場合は、全てのページが表示対象となります。