コピペしてないが、コピペチェックツールに引っかかります。無料ツールでコピペ…

＞1000文字中10文字くらいならコピペチェックに引っかかってもペナルティや検索順位には影響ありませんか？

▶影響ありません。

記事のコピペ（違反行為）は、記事丸ごとコピーなどど明らかな無断転載でない限りはペナルティとなることは、基本的にはありません。
ただし、短い言葉であっても商標登録が取られている場合などは、商標元から訴えを起こされた上で検索エンジン側にも報告され、結果的にペナルティとなる場合もあります。極めて稀なケースですが。

自分の言葉で書いた文であれば、気にする必要はなく、コピペツールなども用いる必要はありません。