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明確に Google の「ペナルティ」ではありませんが、今まで検索上位に表示されていたにもかかわらず突然順位が下がったことを「ペナルティ」と捉える見方もあるので、その判定は正直曖昧です。

ただわかりやすく言うのであれば、Google の「ペナルティ」によって順位が下げられたわけではなく、検索アルゴリズムによって上位から下ろされたという感じでしょうか。
ありきたりな回答とはなりますが、コンテンツの質を高めることによって再浮上する可能性は十分にあります。

＞ブログの各ページではなく、トップページが検索順位に表示されるようになっています

▶おっしゃられている意味がよくわかりませんが、とりあえず、現状の検索表示は検索エンジンの判断や評価であって、それが「正」です。
要は、キーワードに対して、各記事よりもトップページが関連性の高い URL と判断されているに過ぎません。不本意かもしれませんが、それが検索エンジンの判断です。

＞特定のキーワードでタイトルを記事を書いているのに、なぜかトップページが先行して反応し
検索順位が変になっているようです。トップページでは指定していないディスクリプションが反応して中途半端な順位に位置しています。

▶「検索順位が変になっている」とは？その定義は何ですか？
単に、あなたのコンテンツが検索結果に対してあなたの望み通り表示されていないだけの話ですよね？その検索エンジンは、あなたがプログラムしたのですか？

現状の検索結果が検索エンジンの評価と判断であって、それが検索エンジンにとっての「正」です。あなたの望む検索結果になっていないことに対してあなたが憤りを感じるのは自由ですが、その結果を「誤」と主張される事自体は間違っています。

例えるのらば、自身が応援している政治家が選挙で落選したことを「私が応援しているのに落選したのは間違い」と主張されているようなもんです。単に国民の指示を得られず、票を獲得できなかっただけの話ですよね。

今後できるだけあなたが望む検索結果になるよう、コンテンツを育てていけば良いだけの話ですよ。