●何について質問したいかサイト内検索でヒットするように、言い換え語や誤字を…

＞記事の最後に、キーワードを羅列したいのですが、ＳＥＯでマイナス評価を受ける可能性があるとの事です。

▶まずこの点の誤解と解かせていただきますね。

読者体験（UX）を向上もしくは担保するために、記事ごとに誤字リストを入れるとかであれば、それは必ずしもマイナスではありません。読者のことを考えてのことなので、使い方によってはむしろ評価が上がる可能性もあります。

単純に「SEO」と言っても様々な観点があるのですが、例えばたぬきさんが検索エンジンをハックすることを目的として記事に誤字リストを入れるのであれば表示 / 非表示関係なくマイナス評価となる可能性がありますし、一般的な読者の勘違いなどを考慮して誤字リストを入れるのであれば、それは「SEO」という観点からもプラスに働く可能性もあります。

具体的には、誤字リストとは謳いつつも記事とは関係ないキーワードを詰め込むのであればマイナス、しっかりと記事と関連する誤字リストを読者のために提供するという意向であればプラス、と考えればいいでしょう。「SEO」を意識するのであれば、読者のことを考えてコンテンツが作成されているかが一番の鍵となります。

＞希望としては、サイト内検索に引っ掛かるが、検索エンジンが読めない場所にキーワードを入れたいですが、調べた限りそのような機能はなさそうです

▶検索エンジンはコンテンツ内に表示されている部分を読み取っているわけではなく、コンテンツのソースコード（HTML ）を読み取っています。
例えば誤字リスト部分をコメントアウトすれば読者から見て非表示にすることはできますが、検索エンジンが読み取らないわけではありません。

最初の項目の回答を踏まえると、記事内に誤字リストを挿入するとして、非表示にするメリットはありません。むしろ、誤字リストとして提供することは読者のためになるかもしれないですね。

また、多少導入のハードルは上がりますが、コンテンツに Google 検索と同等の機能を採用できる「Google カスタム検索」を導入するのも一つの手です。デフォルトの検索範囲をドメイン内で絞ることもできますし、誤字脱字もしっかりと考慮した検索結果を返してくれます。
https://programmablesearchengine.google.com/

以上を踏まえ、記事ごとに考慮 / 配慮した誤字リストを挿入するか、もしくは「Google カスタム検索」導入するか、この 2 択かと思います。