運営歴1年半、月間10万PVのサイトを運営しています先日、ウイルスにサ…

＞先日、ウイルスにサイトが感染し、不正に大量のインデックスが登録されてしまいました

➜「不正に大量のインデックスが登録」とは？
ウイルス感染して大量にインデックスが不正登録されるなど、今まで一度も聞いたことがありません。ただ単に、「ページがインデックスに登録されなかった理由」における「クロール済み - インデックス未登録」などの数字が多いだけではないでしょうか。

ちなみに WordPress でサイト運営をしていると、記事 URL などの目に見えている URL のほかにも、feed URL など複数の URL がバックグラウンドで自動生成されていきます。そしてそれらも含めてクローラーが認識しつつ取捨選択された上でインデックス登録 / 未登録が行われ、それが Search Console の「インデックス作成」カテゴリに反映されます。
つまり、バックグラウンドで自動生成された不要な URL がインデックス登録されないのは不具合でもウイルスの仕業でもなんでもなく、ただ単に自然現象です。

あなたの説明では信ぴょう性に欠けるので、Search Console 画面のスクリーンショットを貼るなどして証明してください。

＞しかし、サイト感染から1ヶ月が経過し、急激にサイトのSEOが悪くなってしまい、PVが半減しています

＞何か要因は考えられますでしょうか？

➜そもそも、Google アナリティクスの計測タグが外れて計測がされなくなった現象を「アクセスがほぼなくなってしまいました」と誤認していた方ですよね？
https://blog-soudan.com/qa/how-to-manage-a-blog/seo/3717/
本当に PV が半減したのですか？例えば、Google アナリティクス計測タグを 2 重に貼り付けていて数値も 2 倍になっていたものが、計測タグを正しく貼り付け直したおかげで数値も正された、とかではないですか？

要因は、単なるあなたの誤認ではないでしょうか。

＞不正に登録されたページは404エラーになっており
＞Serch console上で検査すると、「URL は Google に登録されていますが注意事項があります」
という表示になっております

➜そもそもおっしゃられている「不正に登録されたページ」というのが疑わしいのですが、おそらくは、「ページ エクスペリエンス」部分でエラーや警告が出ているためと予想されます。
推奨プロパティが正しく設定されていないなどのサイトもしくはページの構造上の問題で、単にクローラーが HTML を正しく読み取れないためでしょう。

＞不正に登録されたページが要因なのかなとも思っており、Serch Console上から消すことは可能でしょうか？？

➜そもそも「不正に登録されたページ」という認識が間違っていると予想されるので、404 エラーとなっている URL を削除したところで根本的な問題は解決しないでしょうね。
あなたの説明だけでは正しく状況を把握できないので、証拠の画像を貼るなど工夫して質問を投稿してください。

@j_jetstreamさん
コメントありがとうございます。また、説明が足らず、失礼いたしました。

添付のファイルのように、7/17にウイルスに感染し、そもそも200ほどの記事でインデックスが登録されていたのが、4000の登録になってしまいました（3,800ほど不正なインデックスを作られてしまいました）

もし、何か解決方法をご存知でしたら、ご教授いただきたいです

「ウイルス」が単なる誤認という見解なので、ちょっと意見が合わないなと思います
調べていただければすぐわかりますが、、Wordpressの「ウイルス」ではよくある被害だそうです

今回はレンタルサーバーから「ウイルスに感染している」と指摘があり、発覚しました
また、その後、複数社に見ていただいたので、そこは間違いないと思います

あまり解決にならなさそうなので、こちらで質問は以上にさせていただきます
回答いただきありがとうございました