Googleサーチコンソールの「合計クリック数」と、Googleアナリティクス…

はじめまして！
サーチコンソールのクリック数は「実際にGoogleに表示されてユーザーがクリックした数」です。
つまりGoogle以外の流入、例えばTwitterのシェアした時に来た方やブックマーク経由の方はカウントされません。

アナリティクスのユーザー数は「実際にサイトに訪れた人数」です。
そのためGoogleから来た、Twitterから、ブックマークからと基本的に全てをカウントできます。

実際のユーザー数を知りたい場合はGoogleアナリティクスを見るのが正解ですね！
ちなみにWebサイトの場合、ユーザー数よりもページビュー（PV）数を指標にする事が多いです。

ユーザー数はサイトに訪れた人の数なので一人が3ページ見ても1ユーザーです。
対してページビュー数は実際に見られたページなので一人が3ページ見ると3PVです。
この辺は結構ごちゃっとなりがちなので、
・「サイトに訪れた人の数を知りたい！」＝ユーザー数
・「実際にページが何回見られたか知りたい！」＝ページビュー数
とざっくり覚えておくとよろしいかと思います！