失礼します。2点ググっても解決策が分からずどうしようもないのでご教示いただ…

＞・ランクトラッカーでは検索上位に入っていても、実際ググると検索上位に入っていないのですが、これは時間の経過と共に検索上位に上がってくるものでしょうか？

▶ランクトラッカーの検索順位ズレは、もしかしたらキャッシュが原因かもしれません。
https://study-blog.com/rank-tracker-clear-data-cache/

とはいえランクトラッカーなどの SEO ツールは所詮サードパティーツールなので、そこに信頼を置くのではなく、単純に Google 検索でプライベート検索を OFF にした状態での検索順位を参考にしたほうがいいですよ。

＞・記事がインデックスされているのですが、その記事のURLではなく、カテゴリーでインデックスされています。

▶これは記事がインデックスされてるとは言いません。カテゴリーがインデックスされているだけです。

記事ではなくカテゴリーがインデックスされるのは単に、記事よりもカテゴリーをインデックスする価値があると Google から判断（評価）されているためです。
Search Console で記事 URL のインデックス登録リクエストを送ることで記事がインデックスされる可能性はありますが、それでもインデックスされない場合は、まだインデックスされる価値のない記事と判断（評価）されていると認識してください。

つまり、インデックスされる価値のある、質の高い記事、もしくはコンテンツ作りに注力しましょう。