中古ドメインに関して質問です。先日、某大手販売サイトで中古ドメインを購…

>その上で、現時点では、以下の3点しか行っていないのですが、これは正しいでしょうか？ また、その後やるべきこととしては何があるでしょうか？

>① エックスサーバー側でのSSL化（とは言っても、「無料独自SSLを利用する（推奨）」にチェックを入れただけですが）
>② WordPress側の「設定」→「一般」の「WordPress アドレス (URL)」 「サイトアドレス (URL)」に、SSL化後のURLを記述
>③ さらに②をwwwありに変更

▶中古ドメインをすでに買われてしまったわけですね。本来であれば新規ドメインで運営すべきですが、お金を払ってしまったのであれば仕方ありません。
ただし、無駄なペナルティを受ける可能性もあるため、覚悟した方が良いかもしれませんね。

そのまま中古ドメインを引き継いで運営していくのであれば、SSL 化（①と②）の流れは問題ありません。
③については、「www あり」に変更することが良いのではなく、「www あり / なし」どちらにしろ、正規 URL に一本化するためにリダイレクトさせるのが正しい仕様です。
https://arts-factory.net/rewww/

ちなみに「www あり / なし」で SEO 評価が変わることは、もはやないので、どちらでも問題ありません。

>（上記に記載させて頂いた通り、正規化などの対応が不十分なことに気づき、重複コンテンツでペナルティーを受けないために現時点では一旦削除していますが、サーチコンソールでは添付画像のように、カバレッジが表示されていました。
>ちなみに、その中には「index.html」や「pdf」なども含まれており、そちらも個別に対応すべきなのだろうとは思っていますが、そのままでもいいのかどうか、イマイチ分かっていません。）

▶この辺、おっしゃられたいことがよくわかりませんが、まず、Google は「重複コンテンツ」というペナルティを設けていないことを明言しているので、そこは気にする必要はないでしょう。

もし Search Console の「URL 検査」におけるステータスにて「重複しています」の表記を「重複コンテンツペナルティ」関連と思われているのであれば、それは間違いです。
単に、正規 URL（ページ）が指定されていない or 指定されている、を判断しているのみとなります。

もちろん他社が運営するメディアからの盗用でしたら話は別ですので、そこは勘違いなさらないでくださいね。